Outro efeito que parece ser um fator principal na estabilidade do aparato de fotossintético é a fotoinibição que ocorre quando a excitação em excesso que chega ao centro de reação PS-II conduz a sua inativação e dano.
Fotoinibição é caracterizado por um complexo conjunto de processos moleculares. Está definido como a inibição de fotossíntese pelo excesso de luz. Muitos dos efeitos do excesso de luz parecem estar localizados no fotossistema II, e locais inibidores tanto no lado doador quanto no receptor foram identificados. Esta inibição é reversível nos primeiros estágios, porém estágios posteriores de inibição resultam em danos para o sistema tal que o centro de reação PS-II precise ser desmontado e consertado. O local principal deste dano é a proteína D1 que faz parte do centro de reação PS-II. Esta proteína é facilmente danificada pelo excesso de luz e então deve ser removida da membrana e substituída por uma cópia recentemente sintetizada. As outras partes do centro de reação PS-II são projetadas para serem recicladas, assim a proteína D1 é o único componente que precisa ser sintetizado.
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