O papel funcional da separação entre os fotossistemas I e II não está inteiramente claro, mas acredita-se que melhore a eficiência de distribuição da energia entre ambos os fotossistemas.
A separação espacial entre os fotossistemas I e II indica que uma estequiometria estrita um-para-um entre os dois fotossistemas não é necessária. Em vez disso, os centros de reação PSII fornecem equivalentes redutores para um pool intermediário comum de carreadores solúveis de elétrons (plastoquinona). O centro de reação PSI remove tais equivalentes desse pool comum e não de um específico complexo de centro de reação PSII.
A maioria das medições das quantidades relativas de fotossistemas I e II mostram que há um excesso de fotossistema II nos cloroplastos. Mais comumente, a razão de PSII para PSI está ao redor de 1,5:1, porém, isto pode ser alterado quando as plantas se desenvolvem sob diferentes condições de luz.
Figura 1. Organização espacial dos complexos que participam da fotossíntese.